很多年前开的个体工商户,当时只在工商注销了,但没去税务局注销，税务要求给5000元罚款，这个合理吗？

应该是先注销税务，再注销工商的，所以当时的工商也是有责任的。一般税务未注销处罚为200至2000，严重的为2000至1万。而在目前新的证照合一情况下，需要由税务出具清税证明，才能注销，要注销先做新的税务登记（这种程序应该是当时没有办理过税务登记吧），否则这么多年，应该是被列入非正常户了。应该重新开通，再注销

请问税务没有注消掉可以吗?因为档口已经两三年没开了，但税务却忘了注消，请问对我已后会有影响吗？

有影响，如果没有注销以后你再想注册时会不允许，必须把现在的先注销了。
两三年如果未申报可能已经转为非正常户被税务机关注销了，你去税务机关查一下吧。

营业执照未登记税务，未注销，有什么影响吗？

理论上要在工商营业执照注册后的一个月内办理税务登记。否则有可能会被税务方面罚款，当然，前提是你后期还要再使用这个执照。如果你并不想使用这个执照，一年后不参加工商年检，即会被自动注销，税务方面当然也不会找你。